Behandlingen är farmakologisk i form av levotyroxin (Levaxin).
Initial dos är 50 mikrogram per dag med behandlingskontroll efter ca 4-6 veckor för ev upptitrering.
Dosökning sker med 25 mikrog var 6-8:e vecka tills måldos uppnås.
Kontroll av kliniska symptom och s-TSH styr doseringen – eftersträvansvärd nivå är <2 mU/L. Symtomregressen vid behandling är dock ofta långsam, uppemot 6–12 månader, trots normalisering av prover. 
Vanlig slutdos levotyroxin är 1,6 mikrogram/kg/dygn, men slutdosen är individuell baserat på laboratoriskt svar.
Hos äldre sköra patienter eller patienter med aktiv hjärtsjukdom (svår svikt, angina pectoris) kan en mer försiktig behandlingsstart övervägas – levotyroxin 25 mikrogram. Var uppmärksam på ev kardiella symtom vid dostitrering. Hos dessa kan också högre TSH-värden accepteras då översubstitution bör undvikas.
Hos patienter med tidigare thyoideacancer eftersträvas helt supprimerat TSH de första åren efter behandlad thyroideacancer.
Hos patienter med graviditetsönskan skall även subklinisk hypothyreos tyroxinbehandlas medan hos övriga rekommenderas laboratorisk uppföljning efter ca 2 månader. Behandling inititeras vid laboratorisk progress.
Insättning av levotyroxin utan laboratorisk grund för diagnosen hypothyores bör starkt undvikas. Vid gränsvärden rekommenderas i första hand omkontroll av labprover. Omotiverad tyroxinbehandling kan leda till biverkningar.

Vid plötsligt stigande TSH hos tyroxinsubstituerad patient överväg följande förklaringar:
1) Nedsatt compliance (om patienten börjat ta tyroxin några dagar före provtagningen ses ibland normalt fritt T4 (fT4) men förhöjt TSH).
2) Samtidigt intag av viss annan medicinering som järn, kalcium eller kolestyramin som binder tyroxin och hämmar upptaget.
3) Malabsorption.
4) Frukost rik på mejeriprodukter.

S.k. hypothyreos typ 2 är ett omdebatterat tillstånd som i nuläget saknar vetenskapligt stöd och ska inte behandlas med tyreoideahormon. Bestämning av sköldkörtelhormon i urinen har ingen plats i diagnostiken av sköldkörtelsjukdom.
Behandling med liothyronin är kontroversiellt och och bör skötas av endokrinolog. Sköldkörtelextrakt från gris (t ex Armour thyroid, Nature thyroid m fl) har ingen plats i behandlingen. 
Patient som rekommenderas sådan behandling på basen av urinbestämning vid externa laboratorier bör informeras om riskerna vid behandling med sköldkörtelhormon vid normala nivåer av TSH och fritt T4 i plasma. Vi rekommenderar aldrig denna behandling och står inte för provtagning, uppföljning eller andra relaterade insatser.

Hyperthyreos omfattas inte av denna rekommendation. Vid verifierad hyperthyreos (supprimerat TSH, högt fT4) rekommenderas kontakt med endokrinolog. 
Att beakta i primärvården är feber/katarrala symptom hos patient med pågående thyreostatisk behandling: då bör LPK liberalt bestämmas med hänblick på risken för agranulocytos.