Vi använder cookies för att webbplatsen ska fungera på ett bra sätt för dig.
Genom att surfa vidare godkänner du att vi använder cookies. Vad är cookies?

Sunderby sjukhus
Mikrobiologiska laboratoriet
Version
9
Ersätter
8
Giltig from
2021-06-14
Upprättat av
MY
Godkänt av
MY

SARS-CoV-2 genompåvisning RNA (Covid-19)

Utförande laboratorium

Mikrobiologiska laboratoriet

Remiss  

I första hand VAS (VAS-kod CoV2NA) alternativt mikrobiologens pappersremiss (innebär extra kostnad).

Remissinformationen bör vara så komplett som möjligt för att optimera analysspår. Förutom provtagningsdatum, provtagningslokalisation (vanligen nph/svalg), ansvarig läkare samt analys bör nedanstående informations framgå.

Vid provtagning av patienter/brukare, uppge;

1.     BOENDE/AVDELNING

2.     ANLEDNING TILL PROVTAGNING

3.     ALLA SYMPTOM alt SYMPTOMFRI

4.     EJ VACCINERAD/VACCINERAD –om möjligt datum för respektive dos

 

 Vid provtagning av vårdpersonal eller smittspårning initierad av vårdhygien, uppge;

1.     ARBETSPLATS OCH TITEL (tex ssk CIMA Piteå)

2.     PÅ INRÅDAN AV VÅRDHYGIEN om detta är gällande

3.     ALLA SYMPTOM/ SYMPTOMFRI (alt. Screening)

4.     DATUM FÖR NÄSTA ARBETSPASS

5.     Ev EXPONERING och då datum för detta

6.     EJ VACCINERAD/VACCINERAD – om möjligt datum för respektive dos

 

Vid provtagning p.g.a. smittspårning i samhället eller kategorin Prio 3, uppge;      

1.     ev. BOENDE/AVDELNING

2.     SMITTSPÅRNING

3.     ALLA SYMPTOM/SYMPTOMFRI (alt. screening)  

4.     Ev EXPONERING och då datum för detta

5.     EJ VACCINERAD/VACCINERAD – om möjligt datum för respektive dos

Vid all provtagning underlättar det för laboratoriet om man uppger provtagningsställe om detta skiljer sig från svarsmottagare.

Provtagningsmaterial

Material;

Artikel 35715, Kryorör 3,6ml

Föredragna rör för Covid-19 är dessa mindre rör (samma som självprovtagningen i regionen) Dessa rör fylls av beställaren med 2 ml koksalt, mått finns på röret, och flockad pinnen beställs separat. ”20 sekunder, pinne ur” gäller även för denna.

Eftersom de flockade pinnarna har bäst uppsugningsförmåga av celler och sekret så använd dessa i första hand.

Flockad provtagningspinne för NPH art nr: 30432. Pinnen roteras i röret 20 sekunder och kastas därefter.

 

Övriga alternativ;

Sterilt rör med 2ml koksalt.

Rör med transportvätska art nr:30433 

Provtagningsset för NPH PCR art nr: 25748 flockad tunn, böjbar nasopharynxpinne med transportrör. Pinnen roteras i röret 20 sekunder och kastas därefter.
Transportrör med medium art nr: 30433 kan användas vid all provtagning oavsett provtagningspinne.

Provtagningsset för svalg PCR art nr: 25747 Set med flockad (god uppsugningsförmåga) hård pinne för svalg och transportrör med vätska. Pinnen roteras i röret i 20 sekunder och kastas därefter.

Begagnade rengjorda transporthylsorna med gul kork. Artikel 35374

Ny skyddshylsa med gul kork artikel 10242.

 

Nasofarynxsekret kombinerat med svalgsekret

  1. Om patienten snyter sig först så blir provkvaliteten bättre.
  2. Låt patienten sitta eller ligga. Huvudet ska vila mot fast underlag (säng eller provtagarens hand). Tryck lätt upp patientens nästipp.
  3. Mät först avståndet mellan näsa och öra så du vet hur långt du ska gå in.
  4. Rikta provpinnen horisontellt  och för in den längs med näsgolvet och parallellt med gomtaket tills du känner att pinnen har nått bakre svalgväggen (i höjd med ytterörat), man känner ett lätt motstånd.
  5. Pinnen roteras i bakre nasofarynx i 10 sekunder så att celler och sekret fastnar på pinnen. Detta moment är ofta obehagligt för patienten.
  6. För att öka känsligheten tas sedan även svalgsekret från bakre svalg/tonsiller (kan tas med samma pinne).
  7. Använd vid behov tungspatel och ficklampa.
  8. Skrapa pinnen flera gånger mot den bakre svalgväggen och tonsillerna så att sekret fastnar på pinnen.
  9. Pinnen roteras sedan i röret i 20 sekunder och kastas därefter.
  10. Provröret desinfekteras med ytdesinfektion och torkas innan etikett sätts på. OBS! streckkoden på etiketten förstörs av viss desinfektion. Placera röret i en skyddshylsa med gul skruvkork. Desinfektera skyddshylsan.

Samma pinne används först i nasofarynx och sedan i svalget för att förhindra att kontaminera nasofarynx som hos vuxna normalt är fri från patogena bakterier.

För barn från 6 års ålder eller i situationer där Nph-provtagning är omöjlig kan 2 ml saliv i sterilt rör som enda provmaterial användas.

Även sugprov/aspirat från nasopharynx kan analyseras. Alternativt tas prov från nedre luftvägar; sputum, bronksekret eller trakealsekret i sterilt rör. Detta måste uppges på remissen.

Provhantering

Provröret desinfekteras med ytdesinfektion innan etikett sätts på. OBS! streckkoden på etiketten förstörs av viss desinfektion. Placera röret i en skyddshylsa med gul skruvkork. Desinfektera  skyddshylsan.

Sänd provet utan dröjsmål till det analyserande laboratoriet. Provet bör transporteras kylt om transporttiden överskrider 4 timmar. Provet ska vara oss tillhanda inom 48 timmar, ska förvaras kylt innan dess.

Svarsrutiner

Besvaras PÅVISAD eller EJ PÅVISAD för SARS CoV-2. Om hög virusnivå har påvisats i analysen kommenteras det i svaret.

Analys med PCR utförs dag- och kvällstid.

Länk till aktuella svarstider

Referensintervall/Beslutsgräns

Ej påvisad.

Indikation

Påvisande av SARS CoV-2 i nasofarynx- och svalgssekret hos patienter med misstänkt covid-19.

Medicinsk bakgrund

Coronavirus är enkelsträngat-RNA-virus och tillhör familjen Coronaviridae. Det finns sex arter av coronavirus som är kända för att orsaka sjukdomar hos människa. Fyra virus (229E, OC43, NL63 och HKU1) orsakar vanliga förkylningssymtom och de andra två (svårt akut respiratoriskt syndrom (SARSCoV)-coronavirus och respiratoriskt syndrom från Mellanöstern (MERS-CoV)-coronavirus är zoonotiska och ger svårare komplikationer.

I december 2019 fick insjuknande personer som arbetade på eller bodde i närheten av Huanans skaldjursmarknad i Wuhan, Hubei-provinsen i Kina, lunginflammation av okänd orsak. Djupsekvenseringsanalys av luftvägsprover påvisade ett nytt coronavirus som först fick namnet nytt 2019-coronavirus (2019-nCoV) och senare SARS-CoV-2.Viruset generellt har lätt att mutera och under pandemin har flera virus-mutationer av SARS-CoV-2 påvisats.

Viruset finns ffa i luftvägssekret och smittspridning sker främst som droppsmitta från hostningar och nysningar, även aerosolsmitta förekommer. Kontaktsmitta sker genom smittförande sekret.

Inkubationstid är 2-14 dagar. Vanliga symtom är feber, hosta, myalgi, artralgi. Snuva, slem, diarré och kräkningar är mindre vanligt. De flesta får lindriga symtom. Vanligaste komplikationen är pneumonit. Ett fåtal patienter utvecklar svår lunginflammation, lungödem, ARDS eller multiorgansvikt och dödligheten är hög vid dessa fall framför allt om patienten är äldre (>70 år) samt har annan samsjuklighet. Män drabbas oftare än kvinnor av allvarlig covid-19, även övervikt och andra bakomliggande tillstånd kan ha betydelse.

Tolkning

Med PCR uppnås både hög känslighet och specificitet.  Ett positivt svar på PCR ska betraktas som sant. Men ett negativt svar på PCR utesluter inte att patienten har covid-19. Man bör beakta att ett falskt negativt svar kan påverkas av flera saker; tex kan känsligheten i testet variera beroende på när i sjukdomsförloppet provet tas (sent taget prov kan vara negativt eftersom patienten då helt kan sakna virus i NPH), dålig provtagning kan påverka analysen. Vid negativt NPH-prov rekommenderas prov från nedre luftvägar.

Efter genomgången infektion kan patienten vara PCR-positiv i luftvägarna för COVID-19 under många dagar, ibland upp till flera veckor (mycket längre tid än så har setts). Sannolikt avtar smittsamheten snabbt efter genomgången infektion och analysen är osäker för att bedöma smittsamhet.

Interferens och felkällor

Analysresultatet påverkas av när i sjukdomsförloppet provet tas, en vecka efter sjukdomsdebut kan virusmängden vara låg eller ej detekterbar. Korrekt provtagning är så klart en förutsättning för hög känslighet i analysen. Det finns patienter där virus inte kan påvisas i övre luftvägar, viktigt då att ta prov från nedre luftvägar. Rapporterat finns även covidpatienter där virus endast kunnat påvisas i faeces.

Metod

Realtids-PCR

Ackrediterad

Nej



Sökord:

SARS CoV-2, RNA, PCR, covid, cov2na, RT-PCR, s, coronavirus, corona, Covid-19




  • Redaktör: Maria Hennersson Zemrén
  • Ansvarig: Minna Ygge, överläkare klinisk mikrobiologi
  • Senast ändrad: 2021-06-22 13:42