Utförande laboratorium
Klinisk Mikrobiologi,Sunderby sjukhus.Klinisk kemi,Gällivare, Kalix, Kiruna och Piteå sjukhus.
Remiss
I första hand VAS (VAS-kod CoV2NA) alternativt mikrobiologens pappersremiss (innebär extra kostnad).
Remissinformationen bör vara så komplett som möjligt för att optimera analysspår. Förutom provtagningsdatum, provtagningslokalisation (vanligen nph/svalg), ansvarig läkare samt analys bör nedanstående informations framgå.
Vid provtagning av patienter/brukare, uppge;
1. BOENDE/AVDELNING
2. ANSVARIG PROVTAGARE
Vid provtagning av vårdpersonal uppge;
1. ARBETSPLATS
2. ALLA SYMPTOM/ SYMPTOMFRI (alt. Screening)
3. Ev DATUM FÖR NÄSTA ARBETSPASS
Vid all provtagning underlättar det för laboratoriet om man uppger provtagningsställe om detta skiljer sig från svarsmottagare.
Provtagningsmaterial
Nasopharynxprov rekommenderas. Svalgsekret kan tas vid behov,
men rekommenderas inte som enda prov vid misstanke på covid-19.
Provtagningsset för nasopharynx PCR art nr: 25748 flockad, tunn, böjbar nasopharynxpinne med transportrör.
Provtagningsset för svalg PCR art nr: 25747. Set med hård pinne för svalg och transportrör med vätska.
Nasofarynxsekret kombinerat med svalgsekret
- Om patienten snyter sig först så blir provkvaliteten bättre.
- Låt patienten sitta eller ligga. Huvudet ska vila mot fast underlag (säng eller provtagarens hand). Tryck lätt upp patientens nästipp.
- Mät först avståndet mellan näsa och öra så du vet hur långt du ska gå in.
- Rikta provpinnen horisontellt och för in den längs med näsgolvet och parallellt med gomtaket tills du känner att pinnen har nått bakre svalgväggen (i höjd med ytterörat), man känner ett lätt motstånd.
- Pinnen roteras i bakre nasofarynx i 10 sekunder så att celler och sekret fastnar på pinnen. Detta moment är ofta obehagligt för patienten.
- Pinnen roteras sedan i röret i 20 sekunder och kastas därefter
- För att öka känsligheten kan även svalgsekret tas från bakre svalg/tonsiller (enbart svalgprov rekommenderas inte).
- Använd vid behov tungspatel och ficklampa.
- Skrapa pinnen flera gånger mot den bakre svalgväggen och tonsillerna så att sekret fastnar på pinnen.
- Pinnen roteras sedan i samma rör i 20 sekunder och kastas därefter.
OBS! Nasopharynx- och svalgpinne ska sättas i samma rör.
- Provröret desinfekteras med ytdesinfektion och torkas innan etikett sätts på. OBS! streckkoden på etiketten förstörs av viss desinfektion. Placera röret i en skyddshylsa med gul skruvkork. Desinfektera skyddshylsan.
Enbart saliv:
I undantagsfall kan patienter som inte kan medverka vid
provtagning med pinne, testas på endast saliv. Detta provförfarande
bör endast användas tidigt i förloppet då virusnivåerna är höga.
Den som provtas ska ej äta, dricka eller borsta tänderna på minst 1
timme innan provet tas. Obs undvik att få med upphostning eller annat
visköst material.
Minst 1 ml saliv samlas i ett sterilt rör eller motsvarande genom att
spotta direkt i röret. Späd med 1 ml koksalt.
Även sugprov/aspirat från nasopharynx kan analyseras. Alternativt tas prov från nedre luftvägar; sputum, bronksekret eller trakealsekret i sterilt rör. Detta måste uppges på remissen.
Provhantering
Provröret desinfekteras med ytdesinfektion innan etikett sätts på. OBS! streckkoden på etiketten förstörs av viss desinfektion. Placera röret i en skyddshylsa med gul skruvkork. Desinfektera skyddshylsan.
Sänd provet utan dröjsmål till det analyserande laboratoriet. Provet ska transporteras kylt om transporttiden överskrider 4 timmar.
Svarsrutiner
Besvaras PÅVISAD eller EJ PÅVISAD för SARS-CoV-2. Inga CT värden anges i provsvar. Om särskilt hög eller låg virusnivå har påvisats i analysen kommenteras det i svaret med förklaring. OBS! Endast på svar från Gällivare och Sunderbyn.
SARS-CoV-2 analys utförs under respektive laboratoriums ordinarie öppettider och svar erhålles inom 1 dygn.
Vi uppmanar våra kunder att ha god framförhållning i planeringen av rutin PCR analyser för SARS-CoV-2 t ex inför operation nästföljande morgon, så att dessa hinner utföras dagen innan.
Referensintervall/Beslutsgräns
Ej påvisad.
Indikation
Påvisande av SARS CoV-2 i nasofarynx- och svalgssekret hos patienter med misstänkt covid-19.
Medicinsk bakgrund
Coronavirus är enkelsträngat-RNA-virus och tillhör familjen Coronaviridae. Det finns sex arter av coronavirus som är kända för att orsaka sjukdomar hos människa. Fyra virus (229E, OC43, NL63 och HKU1) orsakar vanliga förkylningssymtom och de andra två (svårt akut respiratoriskt syndrom (SARSCoV)-coronavirus och respiratoriskt syndrom från Mellanöstern (MERS-CoV)-coronavirus är zoonotiska och ger svårare komplikationer.
I december 2019 fick insjuknande personer som arbetade på eller bodde i närheten av Huanans skaldjursmarknad i Wuhan, Hubei-provinsen i Kina, lunginflammation av okänd orsak. Djupsekvenseringsanalys av luftvägsprover påvisade ett nytt coronavirus som först fick namnet nytt 2019-coronavirus (2019-nCoV) och senare SARS-CoV-2.Viruset generellt har lätt att mutera och under pandemin har flera virus-mutationer av SARS-CoV-2 påvisats.
Viruset finns ffa i luftvägssekret och smittspridning sker främst som droppsmitta från hostningar och nysningar, även aerosolsmitta förekommer. Kontaktsmitta sker genom smittförande sekret.
Inkubationstid är 2-14 dagar. Vanliga symtom är feber, hosta, myalgi, artralgi. Snuva, slem, diarré och kräkningar är mindre vanligt. De flesta får lindriga symtom. Vanligaste komplikationen är pneumonit. Ett fåtal patienter utvecklar svår lunginflammation, lungödem, ARDS eller multiorgansvikt och dödligheten är hög vid dessa fall framför allt om patienten är äldre (>70 år) samt har annan samsjuklighet. Män drabbas oftare än kvinnor av allvarlig covid-19, även övervikt och andra bakomliggande tillstånd kan ha betydelse.
Tolkning
Med PCR uppnås både hög känslighet och specificitet. Ett positivt svar på PCR ska betraktas som sant. Men ett negativt svar på PCR utesluter inte att patienten har covid-19. Man bör beakta att ett falskt negativt svar kan påverkas av flera saker; tex kan känsligheten i testet variera beroende på när i sjukdomsförloppet provet tas (sent taget prov kan vara negativt eftersom patienten då helt kan sakna virus i NPH), dålig provtagning kan påverka analysen. Vid negativt NPH-prov rekommenderas prov från nedre luftvägar.
Efter genomgången infektion kan patienten vara PCR-positiv i luftvägarna för COVID-19 under många dagar, ibland upp till flera veckor (mycket längre tid än så har setts). Sannolikt avtar smittsamheten snabbt efter genomgången infektion och analysen är osäker för att bedöma smittsamhet.
Interferens och felkällor
Analysresultatet påverkas av när i sjukdomsförloppet provet tas, en vecka efter sjukdomsdebut kan virusmängden vara låg eller ej detekterbar. Korrekt provtagning är så klart en förutsättning för hög känslighet i analysen. Det finns patienter där virus inte kan påvisas i övre luftvägar, viktigt då att ta prov från nedre luftvägar. Rapporterat finns även covidpatienter där virus endast kunnat påvisas i faeces.
Metod
Realtids-PCR
Ackrediterad
Nej