Utförande laboratorium
Mikrobiologiska laboratoriet, Sunderby sjukhus
Remiss
I första hand elektronisk remiss (VAS-kod: PANGI)
Om kliniken ej kan skicka elektronisk remiss: Mikrobiologiska laboratoriets pappersremiss.
Viktig remissinfo: infektionsort (inhemsk smitta eller utlandssmitta), kliniska data, förekomst av blodiga diarréer, misstänkt smittkälla.
Provtagning
Faecesprov, ca ½ tesked, i burk med sked eller i tomt sterilt rör.
Provhantering
Provet är en akutanalys ska det omedelbart transporteras till laboratoriet.
Svarsrutiner
Analysen utförs dagtid alla dagar i veckan. Elektroniskt svar till inremitterande.
Referensintervall/Beslutsgräns
PÅVISAD /ej påvisad för respektive agens som ingår i analysen.
Indikation
Akut svår gastroenterit.
Analysen ersätter inte odling som alltid ska beställas samtidigt. Faecesodling är nödvändig för resistensbestämning och ev ytterligare artbestämning. För epidemiologisk typning vid eventuell smittspårning krävs odlade bakterier.
Om misstanken primärt är virusinfektion kan man istället beställa PCR för Enteriska virus, som hittar samtliga virus som denna analys men till mycket lägre kostnad.
Medicinsk bakgrund/Tolkning
Nukleinsyrapåvisning för följande gastroenteritpatogener, såväl bakterier, parasiter och virus: Campylobacter species, Clostridium difficile toxin A och B, Plesiomonas shigelloides, Salmonella species, Vibrio species, Vibrio cholerae, Yersinia enterocolitica, diarréorsakande Escherichia coli (enteroaggregerande (EAEC), enterotoxikogena (ETEC), enteropatogena (ETEC)), enterohemorragisk E. coli (EHEC (vt1/vt2)), Shigella species/enteroinvasiva E. coli (EIEC), Cryptosporidium species, Cyclospora cayetanensis, Entamoeba histolytica, Giardia intestinalis, Adenovirus 40/41, Astrovirus, Norovirus GI/GII, Rotavirus A, Sapovirus.
Negativt resultat utesluter inte förekomst av aktuella agens. Allt som detekteras behöver heller inte vara relevant; det kan vara kolonisation eller förekomst av nukleinsyra efter tidigare infektion.
Vid påvisad Yersinia enterocolitica behöver odling utföras eftersom metoden inte kan differentiera mellan patogen och apatogen Yersinia enterocolitica.
Odling behövs också för att kunna skilja mellan Shigella och EIEC (Enteroinvasiv E. coli), eftersom metoden inte kan skilja mellan dem 2 heller.
Viktigt att veta är att små barn under 2 år ofta är asymtomatiskt koloniserade med C. difficile, positivt test har således låg specificitet i denna åldersgrupp.
Vissa agens behöver bekräftas med annan metod ibland, tex när endast en målgen av två är påvisad, när det behövs meddelas i svaret.
Interferens och felkällor
Med molekylär detektion får man bara svar på det som ingår i analysen. Eftersom nukleinsyra kan kvarstå i flera veckor efter genomgången infektion kan svaret inte användas för att säga något om aktualiteten av påvisade fynd.
Metod
Snabb multiplex realtids-PCR (DNA/RNA på FilmArray)
Ackrediterad
Nej